『如果章节错误，点此举报』在吴起镇，毛泽东和张闻天、刘少奇、杨尚昆等听取了赤安县游击队负责人张明科和陕甘边特委龚逢春的汇报，了解了陕甘边和陕北根据地红军的发展、土地革命的情况，同时也听取了关于“肃反”和逮捕刘志丹、习仲勋、张秀山、郭宝珊、高岗等人的经过。当听说有的干部甚至被杀害了时，毛泽东立即下令：“刀下留人，停止捕人。”他说：“我们刚到陕北，仅了解到一些情况，但我看到人民群众的政治觉悟很高，懂得许多革命道理，陕北红军的战斗力很强，苏维埃政权能巩固地坚持下来，我相信创造这块根据地的同志们是党的好干部，请大家放心，中央会处理这个问题。”
毛泽东极为重视这一问题。10月24日，中央到下寺湾后，立即召开工作会议，决定立即采取一系列组织措施，撤销西北代表团和西北革命军事委员会，成立中央军委西北办事处，周恩来任主席，刘志丹任副主席，张云逸任参谋长；撤销陕甘晋省委，成立陕北省委、陕甘边省委，成立中央民主政府驻西北办事处；承认陕甘边和陕北工农民主政府等等。同时，决定瓦窑堡为中共中央所在地。这些措施为纠正“左”倾错误提供了组织上的保证。由于毛泽东和周恩来当时主要精力放在指挥军事作战上，中央分工由张闻天具体负责了解肃反扩大化的问题。
为防止事态进一步恶化，中央派王首道、刘向三、贾拓夫3人带1部电台和1个排的兵力，先期到瓦窑堡接管西北保卫局。临行前，毛泽东语重心长地对他们说：“杀头不像割韭菜，韭菜割了还可以长起来，人头落地就长不拢了。如果我们杀错了人，杀了革命的同志，那就是犯罪的行为，大家要切记这一点，要慎重处理。”又说：“要做好调查研究，不能马虎从事。”
王首道等迅速到达瓦窑堡。后方军事委员会主席兼陕甘边区保卫局局长戴季英搬出证明刘志丹是“右派”、“反革命”的许多案卷，王首道认真审阅了这些案卷，并深入干部、群众中进行周密的调查研究。大量事实证明，刘志丹从1925加入中国共产党后，对革命忠心耿耿，出生入死，英勇奋斗。1933年10月刘志丹恢复了红二十六军四十二师，并任参谋长，后任师长，连续打了不少胜仗，创建了以南梁为中心的陕甘边区根据地。1934年秋，正式成立陕甘边区苏维埃政府，习仲勋任主席，同时成立了陕甘边区革命军事委员会，刘志丹任主席。1935年2月成立了中共西北工作委员会和西北革命军事委员会，刘志丹任副主席，后任主席。4月，刘志丹率红军主力到达陕北与红二十七军会师，成立了前敌总指挥部，先后粉碎了蒋介石的2次反革命“围剿”，解放了安定等6个县城，使陕甘、陕北根据地连成一片，为中央红军长征后落脚陕北创造了十分有利的条件。1935年8月又与程子华、徐海东率领的红二十五军会师，组成了红十五军团，并任副军团长兼参谋长。事实证明刘志丹是久经考验、屡建功勋的共产党员和优秀的红军领导干部，而绝不是什么“右派”、“反革命”。戴季英等强加在刘志丹头上的一系列“罪状”也不能成立，强加在其他被捕同志头上的“罪状”，也全是一些诬蔑不实之词。11月初，中央组成了以董必武为首，有王首道、张云逸、李维汉、郭洪涛参加的五人党务委员会，负责纠正肃反扩大化的错误。直罗镇战役结束后，毛泽东、周恩来赶赴瓦窑堡，与张闻天一起，亲自处理肃反扩大化问题，听取了王首道的汇报。认为逮捕刘志丹等同志是完全错误的，是莫须有的诬陷，是机会主义的“狂热病”，应予以立即释放。党中央对制造这次冤案的戴季英、聂洪钧给予了处分。刘志丹等100多名党政军领导干部被迅速释放。毛泽东、周恩来接见了刘志丹。毛泽东安慰刘志丹说：“你受委屈了！但对一个革命者来说，坐牢也是一种考验，又是一种休息。”刘志丹对周恩来说：“周副主席，我是黄埔四期的，您的学生。”周恩来握着他的手说：“我知道，我们是战友。”毛泽东又说：“陕北这个地方，在历史上是有革命传统的，李自成、张献忠就是从这里闹起革命的。这地方虽穷，但穷则思变，穷就要革命嘛！这里群众基础好，地理条件好，搞革命是个好地方呀！”听了毛泽东和周恩来的话，刘志丹不觉热泪盈眶。党中央对自己和战友们这样信任，个人受点委屈又算得了什么呢？他心里高兴，忙回答说：“中央来了，今后一切事情就好办了。”后来周恩来还当面批评戴季英说：“像刘志丹这样的‘反革命’越多越好；像你这样的‘真革命’，倒是一个没有才好。”
随后，刘志丹被任命为西北革命军事委员会委员、西北办事处副主任、红二十八军军长等重要职务。
稍后，毛泽东从徐海东那里了解到鄂豫皖苏区肃反中还有300余同志受冤枉，被打成“改组派”、“AB团”、“反革命嫌疑犯”，这些同志随红二十五军长征到陕北，至今仍戴着这些帽子。了解了真实情况后，毛泽东指示：“要立即给他们摘掉帽子。党员恢复党籍，团员恢复团籍。”当徐海东亲自为这些同志平反，并宣布给他们恢复党籍和团籍时，这些同志都感动得哭了。徐海东也激动得流下了热泪。
这样，陕北根据地的肃反扩大化问题得到了彻底解决。陕北革命根据地和陕北红军无论在军事上还是在政治上，都出现了空前的团结，这就为打开中国革命的新局面奠定了坚实的基础。
张国焘“黄袍加身”
中央红军抵达哈达铺以后，一直还在期待张国焘能放弃南下主张，跟上他们北上的步伐。但是等到的却是：9月15日，张国焘抛出《大举南进政治保障计划》，扬言要“大举向南进攻，消灭川军残部，在广大地区内建立根据地，首先赤化四川”。9月17日，张国焘又发布命令：“大举南下，打到成都吃大米！”一时间，“打到成都吃大米”成为红四方面军上上下下的行动口号。